El Departamento de Ecología y Territorio busca desarrollar y aplicar desde una perspectiva científica, una aproximación integrada al análisis, la planificación y la gestión del territorio.  Entre los aspectos fundamentales está el comprender el efecto que tienen y han tenido históricamente, los procesos biofísicos y las actividades humanas en la configuración y el funcionamiento de los ecosistemas y el territorio, y su relación con la problemática ambiental y el desarrollo actual y futuro.

El objetivo principal del Departamento es la producción de conocimiento científico acerca de las Causas y Consecuencias de las transformaciones de los ecosistemas a diferentes escalas de análisis.